Reproductions of manuscripts are available for the following works

Palpitamento pour piano (Incomplete: first two pages only)
Conservatoire de Musique de Genève and http://alkan.assos.free.fr/

Pro organo, praeludium
Bibliothèque nationale de France

[Canon] pour piano à pédalier ou orgue (pour Monsieur Gurkhaus)
The Morgan Library and Museum